La jeune Agatha et sa famille embarquent pour une croisière sur le Nil à bord d'un bateau à vapeur. Ils font connaissance de l'équipage et des passagers. Bientôt, le jeune archéologue amateur disparait ! Comment s'est-il volatilisé ? A-t-il été enlevé ? Agatha, Archibald et Max vont mener l'enquête ! Leurs recherches les conduiront à visiter Louxor, à explorer l'île de Filae, et à croiser le chemin de dangereux crocodiles...