Le combat entre Jiraya et Pain se poursuit. Jiraya est sur le point de découvrir la véritable identité de son terrible adversaire qui, selon la prophétie, serait l'un de ses disciples. Mais lequel ? Nagato ? Yahiko ? Dans le même temps, Sasuke a enfin retrouvé Itachi. Une lutte fratricide et titanesque va s'engager…